El comienzo de esta maravillosa historia, repleta de secretos,peleas,emociones,tristeza y mucha emoción.
La creación de "Naruto" fue un proceso largo y complicado, en el que Masashi Kishimoto tuvo que trabajar muy duramente. Finalmente, en el número 43 de 1999 del semanario Shonen Jump fue publicado el primer capítulo del cómic de Naruto, en el que vence a Mizuki y se gradúa como ninja. En seguida se convirtió en un gran éxito y los siguientes capítulos fueron ganando mucho protagonismo, mejorando en cada tomo y la trama y peleas mejorando en cada hoja.
Tanto éxito llevo un tiempo después a la creación del Anime, lo que genero una gran explosión mediática en el resto del mundo. Fue por el anime que Naruto se hizo un nombre a nivel mundial, lo que también aumento notoriamente las ventas del manga y el merchandaising.El anime de Naruto llego el 3 de octubre de 2002. Casi desde ese primer capítulo, el éxito de las emisiones a través de la cadena TV Tokyo fue incontestable. 

Todos los genins intentan pasar el duro examen de acceso al grado medio o chuunin. Esta saga es muy larga y se entremezcla con el ataque a la Hoja por parte de Orochimaru, el cual acaba frustrado pero supone la muerte del Tercer Hokage. Podemos dividirlo en varias etapas. En la primera, los chicos han de superar el duro examen escrito de Ibiki, el ninja especializado en interrogatorios. En la segunda, acceden al Bosque de la Muerte, bajo la supervición de Anko. Es aquí donde Orochimaru inicia su ataque y pone su sello en Sasuke. Al final de la etapa todos los genins de Konoha consiguen llegar a la torre central. En ese momento se descubre que Kabuto, uno de los ninjas aspirantes, es un espía de Orochimaru. Una vez en la torre comienza la tercera etapa, en la que tienen lugar los combates eliminatorios: Sasuke contra Yoroi, Abumi contra Shino, Misumi contra Kankurou,Sakura contra Ino, TenTen contra Temari, Shikamaru contra Kin, Naruto contra Kiba, Hinata contra Neji, Gaara contra Lee, Chouji contra Dosu. Después de esa ronda, los ganadores se toman un descanso de un mes antes de la ronda final del examen. Es en ese lapso en el que Naruto conoce a Jiraiya y aprende la Técnica del Hechicero/ Justu de Invocación. Sasuke aprende el Chidori. La siguiente ronda incluye tres combates antes de que Orochimaru interrumpa el torneo y entable un combate con el Tercer Hokage, el cual acaba con la muerte de este último. Por su parte, Naruto y Sasuke se enfrentan a Gaara (que en ese momento estaba compinchado con Orochimaru pero se vuelve incontrolablemente agresivo al despertar el espiritu de su monstruo Shukaku interior) con el resultado de una doble derrota por parte de Naruto y Gaara. A pesar de todo, Orochimaru fracasa y se ve obligado a huir con sus brazos destrozados por el Tercer Hokage. Este larguísimo arco abarca desde el episodio 20 hasta el 80 en la serie y desde el tomo 4 hasta el tomo 16 en el caso del cómic.

La muerte del gran Tercer Hokage supuso un duro golpe para Konoha, y es por esta razón que los ninjas estaban en constante movimiento cumpliendo todas las misiones posibles. La Aldea no podía demostrar que estaba debil de poder y por eso el Consejo de la Hoja decidio que iba a ser Jiraiya el nuevo Hokage, pero este se niega y decide ir a buscar a Tsunade para que ella lo sea mientras que se lleva a Naruto consigo para enseñarle a hacer el Rasengan. Mientras esto sucede, los miembros de Akatsuki Itachi y Kisame hacen una breve aparición en busca de Naruto, pero Jiraiya consigue espantarlos. En este encuentro Itachi puede volver a ver a su hermano menor Sasuke, que aún estaba deseando venganza. Luego de esto, comienza finalmente la búsqueda de la "legendaria perdedora Tsunade" (una de las tres Sannin Legendarios, como Jiraiya y Orochimaru). Ella se nego todo el arco argumental por su duro pasado, pero tras ver a Naruto su pasado vuelve a tocarle el corazón y decide que protegera a como de lugar a la Hoja. Su decisión es tomada cuando termina el duro combate contra Orochimaru, en el que dejo ver todo su talento.

Tras recuperarse del último combate contra Itachi, Sasuke se da cuenta de que no es lo bastante fuerte y acepta la oferta de los esbirros de Orochimaru (Sakon, Tayuya, Kidomaru y Jiroubou). Se marcha con ellos para someterse al poder del malvado ninja. Shikamaru, recién ascendido a chuunin, tiene la misión de traerlo de vuelta antes de que sea demasiado tarde. En su grupo van naruto, Chouji, Neji y Kiba, que perseguirán a un Sasuke inconsciente, bajo la tutela de Los Cuatros del Sonido, esbirros de Orochimaru. Shikamaru, Neji, Chouji y Kiba se enfrentan a ellos por separado y consiguen vencerles en durísimos combates, mientras que un Gaara ahora aliado ayuda a Naruto a vencer a Kimimaro, un poderoso ninja enviado por Orochimaru como refuerzo. El clímax de este arco tiene lugar con el combate entre DNaruto y Sasuke, el cual ha desarrollado el segundo sello maldito de Orochimaru. La brutal batalla los lleva hasta el límite de sus posibilidades y deja inconcientes a ambos, aunque Sasuke se despierta antes y decide huir sin matar a Naruto para volverse fuerte a su manera junto a Orochimaru. Kakashi encuentra a Naruto y lo lleva de vuelta a la villa para que se recupere y se ponga bajo la tutela de Kiraiya. Una vez recuperado, Naruto se marcha con su nuevo maestro para entrenar durante dos años y medio.