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Esta segunda etapa de la serie fue la más exitosa de la serie, ha logrado aumentar por escándalo el numero de fans y lo emotivo de la serie. Desde su inicio, se noto la mejoría en el dibujo de Kishimoto y en del Anime. En esta etapa, Todos han madurado y han mejorado mucho todas sus técnicas. Cuando Naruto y Jiraiya regresan después de dos años y medio de entrenamiento, da comienzo la segunda parte de la historia principal. En el manga se mantiene la numeración original, pero en el anime se decide volver a empezar desde cero y la serie "Naruto" pasa a llamarse "Naruto: Shippuden" (esta coletilla significa "Crónicas de Huracán"). Naruto y sus amigos han crecido tanto físico como mentalmente y ahora han de usar sus mejoradas habilidades para enfrentarse a nuevos enemigos: la organización Akatsuki ha vuelto a la acción y planea hacerse con los nueve Bijuu para hacerse con el poder económico en todo el  mundo (o eso es lo que se creía en principio).

Luego de la llegada de Naruto a Konoha (despues de tres años), debe formar equipo nuevamente con Kakashi y Sakura en busqueda del reciente Kazekage de la Arena: Gaara. El Kazekage se enfrento en una dura pelea ante el miembro de Akatsuki Deidara y termina siendo capturado.
En su busqueda, Naruto y los demás (junto con Chiyo, la abuela de Sasori) se enfrentan con una imitación de Itachi mientras que el Equipo de Gai se enfrentan con una imitación de Kisame. Los buenos consiguen vencer y avanzan hasta la guarida de Akatsuki, donde Sakura y Chiyo pelean con Sasori en un gran combate y Naruto y Kakashi logran hacer que Deidara huya (fingiendo un suicidio).
Esta  inicio de la segunda mitad tuvo como objetivo mostrar el crecimiento de los personajes y lo fuertes que se han vuelto, principalmente Kakashi,Gaara,Sakura y Naruto. 
Una vez que logran vencer a los Akatsuki, La consejera Chiyo le traspasa su vida a Gaara para revivirlo y todos se alegran al  verlo de nuevo. 

Luego de regresar a la villa, dentro de poco tiempo se les vuelve a asignar a el grupo de Kakashi la misión de ir hacia el puente Techi donde iba a estar Kabuto (está información la consiguió Sakura a través de su combate con Sasori). Sin embargo, Kakashi no estará a cargo de esta misión por su cansancio al tener que usar dos veces su Mangekyou Sharingan contra Deidara. El nuevo líder será Yamato (un jounin muy hábil que domina el elemento Madera como el primer Hokage) y tendrán a un nuevo compañero de equipo: Sai. Luego de que todos ellos pasarán determinadas situaciones de entrenamiento, dan con Kabuto y Orochimaru en otro gran combate en el que Naruto se deja llevar por su ira y muestra una nueva faceta del poder del Kyuubi: dejo salir cuatro colas y se transformo en un demonio negro de inmenso poder. Luego de este combate en el que el grupo Kakashi falló, se descubre que Sai era un traidor y quería dar con Sasuke para matarlo (esto se lo ordenó su superior Anbu Danzou) ya que era muy peligroso y era un desertor. Cuando finalmente Naruto y los demás (con un Sai ya arrepentido y nuevamente aliado) dan con Sasuke, el cual ya no sentía nada por sus compañeros y estaba dispuesto a matarlos con un jutsu especial pero Orochimaru llega en el momento justo y lo detiene (escapando nuevamente). A Naruto y los demás no les queda más remedio que volver con la misión en fracaso. 

En este otro arco de la serie, se da a conocer otros dos Akatsukis muy poderosos: Hidan y Kakuzu. Ambos consiguieron eliminar al Jinchuuriki del Dos Colas (Yugito). Mientras ocurre eso, Naruto comienza su entrenamiento para dominar un Rasengan definitivo ya que descubrió a través de su entrenamiento que su tipo de chakra es de viento. Mientras el entrena en todo este arco de la saga, Shikamaru,Asuma,Kotetsu y otros Chuunin parten en la búsqueda de estos dos Akatsukis por orden de Tsunade. Lamentablemente logran dar con ellos. Los de la Hoja pelearon duramente contra uno solo de ellos dos: Hidan. Este último logro vencerlos a todos y como si fuera poco a través de una de sus técnicas más especiales y poderosas en la que lastima su propio cuerpo para herir al enemigo mata a Asuma y así despierta en Shikamaru una sed de venganza que hace que se rencuentren nuevamente en otro lugár con su equipo de siempre: Chouji y Ino (también Kakashi). En esta nueva pelea se enfrentan Kakashi,Chouji y Ino contra Kakuzu el cuál resultó tener cinco vidas y Shikamaru contra Hidan. Kakashi y  los otros no pudieron vencer a Kakuzu, hasta que llegó Naruto y lo re mato con su nueva técnica: el Rasengan Shuriken. En cuanto a Shikamaru, el logró vencer a Hidan pero no matarlo (debido a que este era inmortal) pero enterró su cabeza para que no pudiera volver a hacer de las suyas.

 

Sasuke finalmente se cree capaz de matar a Itachi por lo que decide matar a Orochimaru ( es decir que lo traiciono) y luego lo absorvío,  aunque no del todo (otra parte recide en Kabuto).
Luego de todo esto, Sasuke decide ir en busca de reclutas para su nuevo grupo: Hebi. El logró reclutar a Suigetsu ( el cuál quizó obtener la espada de Zabuza), Karin en las prisiones de Orochimaru (la cuál estaba loca por el) y Juugo (el cuál sufría de ataques de locura que lo obligaban a matar gente). 
Además de todo esto, también suceden otra serie de cosas dentro de este arco como por ejemplo: Kabuchimaru ( la fusión de Orochimaru y Kabuto) se encuentra con Naruto,Hinata y Yamato para decirles que ha cambiado y que busca un nuevo lugar en el mundo dándole a Naruto un libro con información de Akatsuki.
También ocurre otra de las peleas más increíbles de Shippuden: Sasuke vs Deidara. Tobi y Deidara pudieron encontrar a Sasuke en su búsqueda y desataron una grandiosa pelea en la que ambos demostraron todo su potencial (menos el idiota de Tobi que no peleaba). El ganador de el combate fue Sasuke ya que a través de un Kuchiyose no Jutsu logró invocar a la serpiente gigante Manda para esconderse dentro de si y salvarse de la autodestrución de Deidara. 

Jiraiya decidió dar a caza a Paín el sólo en vez de Tsunade yendo al País de la Lluvía, ya que habían descubierto que este Akatsuki se encontraba allí dando ordenes. Tsunade no tubo más remedio que aceptar y Jiraiya una vez llega al País de la Lluvia (escondido entre las aguas adentro de una de sus invocaciones) debe recolectar un poco de información y se descubre que en este país todos están bajo las ordenes de este akatsuki que lo tienen como un dios al que sin embargo nadie vio. Jiraiya tubo que amenazar y derrotar a dos chuunin de este país y así termino descubriendo su ubicación. Lamentablemente Konan lo encuentra y no mucho después llega Paín. Ambos pelean en una de las peleas más duras, increíbles y tristes que acaba con la muerte de uno de los personajes más queridos de la serie: Jiraiya.
En esta pelea se descubre que Jiraiya había sido maestro de esos dos akatsukis Konan y Paín (que en realidad también se llama Yahiko) en la Tercera Gran Guerra Shinobi cuando ellos eran huerfanos. Pero también de uno que se llama Nagato. ¿En donde estará el? 

Una vez que Sasuke acaba con Deidara, decidió dar caza de una vez por todas a Itachi. El encuentra a una de las copias de Itachi que le dice que se encuentren en el viejo escondite de los Uchiha. Allí... es donde sucederá una de las peleas más esperadas y increíbles de toda la serie. Ambos se lucen a todo su esplendor quedándose ambos sin más chakra. Sin embargo, antes de que Itachi muera el podría haber matado a Sasuke porque aún le quedaba energía y a su Susano pero Itachi decidió en cambio darle a Sasuke su Mangekyou Sharingan para que el pueda defenderse de Tobi y matarlo. Una vez que Sasuke se despierta, se encuentra junto a Tobi quien decía ser Madara Uchiha y le cuenta la verdad de porque Itachi mato a todo su clan ese día. Hace mas de 80 años el clan Uchiha  estaba en guerra con el clan Senju. Para proteger a todo su clan, Madara arranco, a peticiòn de su hermano , los ojos a su hermano menor para poder obtener el mangekyou sharingan y asì proteger por siempre a su clan. Sin embargo, el clan Senju y Uchiha se cansaron de la guerra y decidieron hacer una tregua que perduro por siempre. Madara se sintiò traicionadod por su clan y decidió desertar de Konoha y volver mucho después a destruir Konoha. Para ello, controlo al Kyuubi. Konoha sabía que este último solo podía ser controlado por los Uchiha por lo que sospecharon de este clan y decidieron poner ANBU para investigarlos. Itachi les brindaba información a los ANBU(ya que el era el líder de un escuadron) sobre el golpe de estado que pensaban hacer los Uchiha. Como miembro de ANBU le ordenaron acabaron con su clan y el accedío porque no quería mas guerra sino paz. En realidad, siempre protegió a Sasuke a su manera en secreto engañándolo hasta el día e su muerte para poder darle todo su poder.

Luego de saber la verdad sobre su hermano mayor Itachi, Sasuke se vuelve más frió aún y se une a Akatsuki para destruir Konoha (ya con los poderes de su hermano incluidos, como el Susano y el Amaterasu). Su primer misión es capturar al Hachibi de Ocho Colas llamado Killer Bee. Al encontrarlo, se da a conocer su apariencia,carácter y fuerza. El es uno de los personajes más poderosos de la serie ya que puede controlar a la perfección su Bijuu interior y hace papilla a Sasuke y a su grupo, en el que Suigetsu muestra mucho potencial y se ve el poder de Karin (si la muerden puede curar a sus aliados haciéndose daño ella misma). Killer Bee realizó una maniobra muy inteligente, cuando "aparento" ser derrotado por el poderoso Amaterasu y raptado por el equipo Taka, se descubre más adelante que era un clon y el verdadero Killer Beee estaba adentro de uno de los tentáculos del Hachibi.

Nuevamente, Paín o Nagato porfín decide acabar con Konoha para llevarse a Naruto. Al no saber donde estaba (ya que este se encontraba entrenando en el Monte Myokubu para poder dominar el modo Sannin) Paín fue matando y hiriendo a todos los habitantes de Konoha y destruyó POR COMPLETO la villa, no sin antes tener que enfrentar a todos sus habitantes, desde Kakashi, Tsunade e incluso el propio Konohamaru. Cuando finalmente Naruto regresó y vio todo destruido entendió la situación y peleó contra Paín en una de las mejores peleas de toda la serie utilizando todo de si mismo, hasta que Paín mata a Hinnata y esta le confiesa a Naruto que lo ama. Desde ese momento, Naruto se vuelve loco y despierta el poder del zorro y pelea contra Paín aún teniendo más ventaja. Deja salir las colas hasta tal punto que el Kyuubi esta casí por salir ya que el protragonista iba a sacar el sello. Sin embargo, su padre Minato aparece y le dice que no lo haga, que pelee con su propia fuerza y que confiaba en el. Naruto logró nuevamente vencer a Paín y proclamarse héroe de la Aldea.  
Luego va a hablar con Nagato (ya que sus amigos descubrieron donde se ubicaba) y allí se formó una de las charlas más conmovedoras de la serie que hicieron entrar en razón a Nagato y tubo que revivirlos a todos excepto a Jiraiya que ya no podía.

Tras el ataque de Sasuke al Jinchuriki kIller Bee, su hermano el Raikage decide convocar a los otros 4 Kages a una asamblea y ya sea de paso planear eliminar a Sasuke. Tsunade se encontraba en coma desde el ataque de Pain, por esa misma razón Danzou es elegido sexto Hokage momentáneamente y decide ir en el lugar de Tsunade a la azamblea.
Danzou (lider de la raíz de ANBU) estaba controlando al líder de la asamblea con el sharingan de Shisui Uchiha y por esa razón no le queda más remedio que escapar, pero en ese momento también aparece Sasuke en buscada del líder de los ANBU (por orden de Madara Uchiha y por su deseo de venganza) y se enfrenta con la Mizukage,Kazekage y Raikage a los que puede hacerles frente hasta que aparece el Tshuchikage y logra vencerlo (aunque Madara aparece y lo salva)
En la asamblea, habían acordado armar una alianza entre las 5 grandes naciones ninja para enfrentar a los Akatsuki. Por esta misma razón, cuando aparece Madara en la conferencia le cuenta su verdadero plan: lanzar el Tsukuyomi a la luna para controlar a todos los seres vivos y evitar que siga habiendo guerras. Y para lograr esto es que necesita a los otros Bijuus, el quiere fusionarlos y revivir al Bijuu de 10 colas y ser el su Jinchuriki. 
Luego de esto, Madara declara la cuarta gran guerra ninja!





















Si bien Danzou había escapado de la cumbre de los Kage, Madara y Sasuke logran darle caza y este último se enfrenta a el. Danzou intenta convencerlo de que lo hecho por Itachi fue para salvar a la Aldea, que en la vida hay que hacer sacrificios por más que uno deba undirse en la oscuridad. Sin embargo, el Uchiha no quiere escuchar y logra eliminar a Danzou de una manera muy peculiar: El líder Raiz de los ANBU quizo usar como rehén a Karin, pero Sasuke fue tan frio que uso su chidori para matar a ambos. De esta manera, Danzou se autodestruye pero no logra eliminar a Sasuke ni a Madara. 
Si bien Sasuke había usado mucho su sharingan,  tendría que afrontar un combate más: Sakura,Kakashi y Naruto. Todo el Equipo 7 se hallaba reunido nuevamente, pero Sasuke ya no siente nada y esta decidió a matar a los 3. Debido a su cansancio y a la fuerza de Naruto el combate termina en empate: pero no sin antes dar una nueva revelación: Naruto decidió morir junto a Sasuke si este decide atacar Konoha.





















Naruto es enviado por Tsunade a la isla de la Villa de la Nube a entrenar junto a Yamato, Gai y Aoba. La verdadera razón fue apartarlo de la Guerra a escondidas para protegerlo. Naruto debe encontrarse con Killer Bee ya que este sabe controlar a la perfección su Bijuu (el Hachibi de Ocho Colas) con el que se lleva muy bien y dialogan constantemente. 
Previo a esto, se puede ver como Kabuto logra ver a Madara y utiliza el Edo Tensei para revivir a Itachi y Deidara entre otros. Se los ofreció como fuerza en la Guerra a cambio de Sasuke cuando esta termine. 
Regresando al entrenamiento de Naruto, debía en primer lugar ir a la cascada a meditar contra su otra mitad: el Naruto repleto de odio. Al principio, Naruto no encontraba como vencerlo pero gracias a un consejo de Killer Bee lo consigue: Naruto le dice a su otra mitad que confiaba en la aldea, que a pesar que lo odiaran en el pasado el logró remediarlo y consiguió amigos y vínculos muy fuertes de los que jamas podrá desconfiar. De esta manera, abraza a su otra mitad y este se desvanece. La primera mitad se cumple y la parte más difícil del entrenamiento esta por venir...





















Este uno de los arcos más importantes de la historia ya que se descubre el origen de la historia de Naruto y sus padres. 
En la siguiente etapa de entrenamiento de Naruto con Killer Bee, Naruto debía pelear contra el Kyuubi y robarle su chakra para poder controlarlo sin dificultades (lo cual no significó llevarse bien como Bee y el Hachibi). Naruto y el Kyuubi se enfrentan en un dinámico combate en el que es ayudado por su madre: unas cadenas surgen de la dimension paralela para apresar al Kyuubi y ayudar al jinchuriki. Quien libró las cadenas fue su propia madre: ella aparece y habla con Naruto en (para muchos) la conversación más conmovedora e interesante de toda la serie. Kushina (su madre) le cuenta como se conocieron Minato y ella. También le cuenta la verdad sobre el día de su nacimiento: cuando Naruto salió a la luz, sus padres fueron atacados por Madara quien robó el Kyuubi de adentro de Kushina para atacar Konoha. A Minato no le quedo más remedio que sellarlo en dos mitades: una dentro de el y otra dentro de Naruto. Kushina no debía morir, pero el poder del Kyuubi era tan grande que casi mata a Naruto recién nacido con una de sus uñas pero sus padres se interponen y ambos son atravesados. En ese mismo momento, le dedican sus ultimas palabras a Naruto: "no bebas hasta los 21,has muchos amigos,cuidado con las prohibiciones,bañate seguido, come verduras, te amamos..."
Naruto luego de esta extensa conversación se siente tan fuerte y feliz que desata toda su furia y logra lanzar muchos rasengas al Bijuu y finalmente extraer su chakra y dominarlo.





















Tal como estaba acordado, la Gran Cuarta Guerra Ninja da por comenzada. El primer combate lo presentara Kankurou que debió enfrentarse a Deidara y Sasori en Edo Tenseis. Ambos se burlaron de el porque pensaron que era un don nadie, pero Kankurou demostró lo contrario y los aplasto con su nueva y mejorada marioneta: Sasori. También la convirtió en una marioneta humana por lo que mantuvo sus poderes especiales. Al vencerlos, Kankuro los sello y la primer victoria le perteneció a la gran "Alianza". Las Cinco grandes naciones daban la ventaja.
. El siguiente combate fue duro: Mifune vs Hanzo. El lider de las asambleas de los Kage (Mifune, el gran samurai) logró con mucho esfuerzo derrotar a un poderoso Hanzo Edo Tensei que termina redimiéndose y reconociendo la fuerza del rival. La balanza seguía favoreciendo a la gran Alianza.
. El siguiente combate fue uno de los más conmovedores: Zabuza y Haku fueron nuevamente revividos y debieron enfrentar a Kakashi mientras Sakura,Lee y Gai enfrentaban a los siete espadachines Edo Tensei. La pelea fue muy dura pero termino igual que como la original: Haku se interpuso en el Raiki de Kakashi y su alma desaparece. Luego, Kakashi logra hacerle lo mismo a Zabuza y el combate se da por terminado (aunque una ola de Zetsus blancos lo esperaban)
. El siguiente combate se presentó entre Darui y Kinkaku y Ginkaku. Los dos últimos eran ex criminales muy poderosos, aunque esto no impidió que Darui utilice todas sus técnicas para aniquilaros y poder sellarlos en una especie de jarrón enorme.
Hasta aquí, la balanza fue para la Gran Alianza. Sin embargo, Akatsuki no mostró sus mejores cartas...

Kabuto terminó reviviendo a alguien muy importante para Choji,Shikamaru e Ino : Asuma Sarutobi. Seran estos personajes quienes se enfrenten en la Cuarta Guerra Ninja. Una batalla llena de recuerdos se libera. Al principio, Choji no podía hacerle daño a su maestro ya que se sentía muy triste de hecho. Sin embargo, fueron las palabras de su sensei las que lo motivaron y sacaron todo su poder. De hecho, Choji se transforma nuevamente en un chakra con forma de mariposa y aplasta a su sensei. Asuma le dijo  que se volvería el ninja más fuerte y se hace cargo del equipo en el siguiente combate: vencer a la "estatua maldita" (Kuchiyose que invocaban los Akatsuki para sellar a los Bijuu). Otro gran combate se libra entre Choji y esta estatua. El Akimichi retiene lo más que puede a este poderoso Kuchiyose hasta que Choza (su padre) llega y pelean a la par acabando con esta invocación y deteniendo su amenaza. 

Naruto puede detectar grandes cantidades de chakra en lejanas distancias lo cual lo preocupa y decide cortar su entrenamiento con Killer Bee y averiguar que pasa. En ese momento llega Iruka y no le queda más remedio que contarle la situación. Naruto se desespera y dice que acabará con esta guerra el solo. Apenas se marcha, Iruka le pide a Bee que lo cuide ya que es muy importante para el. Killer Bee acepta porque le agarro cariño a Naruto y comparte su misma meta: demostrar que su verdadera fuerza no proviene solamente de ser jinchurikis, sino de su corazón. Serán estas palabras las que trataran de enseñarles ambos al Raikage que llego para detenerlos. Bee pelea primero y logra vencerlo diciéndole que su verdadera fuerza proviene de su corazón donde se halla un sol (su hermano al que le es muy importante para el).
Naruto, en cambio, le dice que tiene dos soles: su padre y su madre. Le dijo al Raikage que ambos dejaron el legado en el y por eso el sera el descendiente del "chico de la profesia". El raikage lo quiere poner a prueba con su mejor técnica y Naruto termina evadiendola, siendo este el segundo en toda la historia capaz de hacerlo. En este momento, el Raikage acepta y deja marcharlo a la guerra.

El primer combate de Naruto y Killer Bee en esta guerra es contra Itachi Uchiha y Nagato. Antes de iniciada su pelea, se intercambian algunas palabras e Itachi le termina diciendo a Naruto que esta feliz de que Sasuke tenga un amigo como el. Tambien se sorprende de que este quiera atacar a Konoha en ves de volver a su aldea. Cuando termina el combate, Itachi activa el poder que le dio a Naruto. Este poder consistia en recuperar su propia voluntad en caso de que lo revivieran, entre otras posibilidades. Y no solo eso, sino que también le daría el poder necesario para parar a Sasuke que se ha puesto los ojos de Itachi. Por más que este último haya recuperado su conciencia, decide no ver a Sasuke puesto que tenía otro objetivo que conseguir. 
En cuanto a Nagato, este por orden de Kabuto no tuvo más remedio que consumir el chakra de Bee y rejuvenecer de modo que adquirió mucho más poder. De todos modos, no alcanzó contra el Susano'o de Itachi

Kabuto también revivió al Segundo Tsuchikage, Segundo Mizukage ,Tercer Raikage y Cuarto Kazekage. Todos ellos deben pelear contra Gaara y el Tercer Tsuchikage (llamado Onoki). Ambos pelean duramente con los otros Kages Edo Tensei. Gaara consigue derrotar a su padre con una técnica nueva en la que pareciera invoca a su madre arena y así captura a su padre, que al final termina reconociendo que Gaara es un gran ninja y el Kage más poderoso de todos. Del Tercer Raikage se encargo un recién llegado Naruto, que le dio una paliza (aunque le costo) con su nuevo modo Kyuubi. Mientras tanto, Onoki logra vencer al segundo Tsuchikage aunque en realidad no lo mata. Kabuto tomó control sobre este ex Kage y con el utiliza nuevamente el Edo Tensei para revivir al verdadero Madara Uchiha. Esto quiere decir que todo este tiempo, el hombre enmascarado que hacía pasarse por Madara era en realidad un impostor, pero quien era?

Madara Uchiha por fin ha despertado, y su primer combate sera muy duro y repentino: enfrentar a los 5 Kages de las 5 Naciones NInja. Claro que el combate no solo es dinámico. sino que también es una clara muestra del enorme poder de Madara, casi invencible. Se muestra su gran control del chakra y de su Sharingan. Los 5 Kages logran vencerlo con todo su esfuerzo, quedando al limite de la muerte. Sin embargo, Kabuto llega y rescata a Madara avisando que no se relajen porque el próximo combate sería muy pronto. Si bien no pudieron matarlo, quedo en claro que las 5 Naciones Ninja pueden aliarze y conseguir la paz (tal y como lo declarará el Raikage más adelante). Tambien se deja otro mensaje en claro: deben entrenar aun más porque de otro modo no podrán ganar la guerra. Finalizado este gran combate, aún quedaría la parte más dura: Naruto vs Jinchurikis y el sujeto enmascarado.