Konan era la única mujer del grupo Akatsuki. Su historia esta completamente ligada a la de Yahiko y Nagato, los otros dos miembros de Akatsuki. Desde que era niña, quedo huérfana por la muerte de sus padres, a causa de la Segunda Gran Guerra Ninja. Un día, Yahiko la encontró y permanecieron juntos para sobrevivir. De esta manera, lograron encontrar a Nagato tirado en el suelo muerto de hambre. Ellos le dan lo único de comida que tenían y permanecen juntos. Un tiempo después, se encuentran con Jiraiya. Estos tres niños huérfanos le piden al Sannin que lo entrene y este por sentimental termina aceptando y los entrena por tres años hasta que puedan cuidarse solos. Konan siempre fue considerada por Jiraiya como la más amable de los tres y siempre le reconoció que tenía un talento natural para el origami.
Cuando Jiraiya los deja solos, los tres forman una organización que termina alterando las acciones de su líder ya que quizá ellos podrían tener la fuerza para derrotarlo. Por esta razón, Hanzo (el líder) inventa la excusa de una reunión pero ese mismo día Konan es secuestrada y amenazada de que si no mataba a su líder matarían a los tres. Yahiko se suicida para impedirlo y Nagato salva a todos.
Estas circustancias y su historia ( la de perder a toda su familia tras la guerra) llevan a Nagato y a Konan a querer crear un Mundo lleno de paz, y sera esta la razón por la cual crearan Akatsuki (aunque después quedarían bajo las ordenes de Madara).
La primera vez que la hemos visto pelear ha sido contra Jiraiya cuando este se infiltro en la Aldea. Konan lo contuvo con sus técnicas de origami que Jiraiya supo derrotar y posteriormente atrapar a Konan, aunque luego fue liberada por Nagato y juntos vencieron a su antiguo maestro sin ningún rencor ni sentimiento. Un tiempo después, cuando Konan y Nagato invaden Konoha y son vencidos por Naruto este último encuentra su escondite y va a charlar con ellos. Konan termina agradeciéndole a Naruto toda su ayuda y por haberle abierto los ojos a ambos, y este agradecimiento vino añadido con un ramo de flores de origami. 
No se ha sabido de Konan hasta que Madara/Obito decide darle caza para conseguir el Rinnegan de Nagato. En esta pelea Konan queda al limito y Madara/Obito la remata y queda definitivamente muerta.