Era la miembro femenina del grupo de Kakashi, Obito y el Cuarto Hokage, durante la Tercera Gran Guerra Ninja. Ella se dedicaba a las labores de sanación y a traer algo de buen rollo entre los componentes del grupo. Regaló un kit médico a Kakashi para celebrar su ascenso a Jounin. En una misión fue secuestrada por ninjas de la Roca. Kakashi y Obito la salvaron, aunque este último perdió la vida en el proceso. Antes de que eso ocurriera, Rin accedió a implantar su Sharingan izquierdo en kakashi. Kakashi le dijo que Obito estaba enamorado de ella. Rin quiso decirle que en realdiad ella lo amaba a él, pero Kakashi acabó con el último de los secuestradores, vinieron muchos otros refuerzos,pero el Cuarto Hokage acabó con ellos. Mientras Kakashi estaba inconsciente, ella le contó todo lo sucedido.
Un tiempo después, Rin es secuestrada por unos ninjas de Kirigakure para que ella fuera la jinchuriki del tres colas antes que Yagura. Estos ninjas estaban siendo controlados por Madara Uchiha. El plan era que cuando Rin se encontrara en Konoha se libere el Bijuu para destruir la aldea. Cuando Kakashi pelea contra los ANBU, esta se interpone en su Chidori salvando Konoha de esta manera. Obito llegó a ver esto y es por esta razón que despertaría su Mangekyou Sharingan y su plan "ojo de luna" con el que conquistaría el mundo. Kakashi fue a dejarle flores en su lapida de honor esa misma noche, pero también esa misma noche Obito fue y las rompió.